La Confederación Hidrográfica del Segura, es un organismo autónomo de la Administración General del Estado, adscrito, a efectos administrativos, al Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico.
Es una entidad de derecho público con personalidad jurídica propia y que dispone de autonomía para regir y administrar por sí los intereses que les sean confiados; para adquirir y enajenar los bienes y derechos que puedan constituir su propio patrimonio; para contratar y obligarse y para ejercer, ante los Tribunales, todo género de acciones, sin más limitaciones que las impuestas por las leyes. Sus actos y resoluciones ponen fin a la vía administrativa.
Su estructura y funciones así como su régimen económico y patrimonial están definidos en el Real Decreto Legislativo 1/2001 por el que se aprueba el texto refundido de la ley de aguas.